转录组数据分析

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转录组数据中如何找GO富集分析上下调基因?

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性 提取样品总RNA后,用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA(若为原核生物,则用试剂盒去除rRNA后进入下一步)。 加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段,以mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条cDNA链,然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链,在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头,然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择,最后进行PCR扩增,建好的测序文库用Illumina HiSeq? 2000进行测序。

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TARGET数据类型包括:临床数据,转录组测序数据,拷贝数变异数据,甲基化数据,miRNA数据,基因表达谱芯片数据,全基因组测序数目,靶向测序数据。 TARGET下载数据,包括临床和转录组数据。TARGET数据合并。进行ID转换,分别提取mRNA和lncRNA。差异表达分析,并绘制热图,火山图。表达数据和临床数据数据合并。单个基因的生存分析,并绘制生存曲线。单因素COX模型,找出潜在和肿瘤生存相关基因。